港務係
（1）部、課の庶務
（2）港湾の振興（他係の所管に属するものを除く）
（3）港湾施設の使用料、手数料等の総括
（4）清港事業の総括
（5）港湾料率表の作成及び公表
（6）水難救護法（明治32 年法律第95 号）の施行に係る総括（海面に係るものに限る）
（7）港湾施策の企画
（8）通関、入国管理及び検疫に関する国の機関
（9）港湾施設その他の財産の管理に伴う補償（工事に係るものを除く）及び賠償（係争に係るものに限る）
（10）基幹統計その他港湾に関する各種統計
（11）港湾事務の情報化
（12）北九州埠頭株式会社及び小倉国際流通センター株式会社
海務・情報係
（1）港湾施設の管理運営の総括（係留施設に係るものに限る）
（2）船舶の入出港届の受理及び船席指定
（3）港湾施設の使用料（岸壁使用料に限る）及び入港料の徴収
（4）港務通信
（5）港湾情報システムの総括
（6）港湾の保安対策
指導調整係
（1）港湾区域内及び港湾隣接地域内における水域の占有等
（2）臨港地区内における構築物の規制及び行為の届出等
（3）公有水面（漁港区域以外の海面に限る）埋立の免許
（4）海岸保全区域内の規制等
（5）砂利採取法の規定による砂利採取計画（漁港区域以外の海面に係るものに限る）の認可
業務管理係
（1）港湾施設、海岸保全施設その他港湾の利用に関する財産の管理運営の総括（他課の所管に属するものを除く）
（2）国有港湾施設の管理受託
（3）港湾台帳及び海岸保全区域台帳
（4）港湾施設その他の財産の管理に伴う補償（工事に係るものを除く）及び賠償（係争に係るものを除く）
（5）港湾施設等の管理（他係の所管に属するものを除く）
門司業務係 小倉・洞海業務係
（1）港湾施設等の管理運営
（2）埠頭構内の取締り
（3）港内清掃等
（4）水難救護法の施行（海面に係るものに限る）
（5）港湾施設の使用料及び手数料並びに普通財産の貸付料（他係の所管に属するものを除く）
（6）臨港鉄道の管理運営（門司業務係に限る）
（7）海岸保全区域内の占用等
設備係
（1）荷役機械等の工事の設計、施工及び検査
（2）設備工事の設計、施工及び検査並びに設備の保守点検
（3）港湾施設及び海岸保全施設の維持管理計画
（4）港湾施設及び海岸保全施設の維持管理計画に基づく施設の点検及び診断
（5）港湾の保全対策
（6）港湾施設マネジメント
